Cependant, au milieu du XIIème siècle, de nouvelles reliques de Marie Madeleine sont découvertes à saint Maximin, une découverte qui marque le début du déclin de Vézelay, qui verra même plusieurs affrontements pendant les guerres de religion, et qui sera finalement vendue comme bien national à la Révolution (1796). Prosper Mérimée la découvrira au cours d’une promenade en 1834 et c’est l’architecte Viollet-le-Duc qui sauve la basilique au 19ème siècle.
Vézelay est le point de départ du pèlerinage vers Saint Jacques de Compostelle, mais aussi un point de départ pour un pèlerinage vers Assise en Italie.
La basilique a fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques par la liste de 1840 et elle est inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO depuis 1979.